猪粪、辅料（米糠、秸秆碎、菌渣等）和发酵剂按一定比例混合。混合后的原料放入发酵槽。发酵槽底部设有通风管。在发酵过程中，可通过强制通风增加物料的含氧量，从而加快发酵过程。发酵过程中，原料需要定期抛撒。发酵翻堆机在这一过程中的主要作用是：

（1）通过翻拋增加物料的渗透性和含氧量。

（2） 发酵翻堆机的耙齿在作业过程中可进一步粉碎物料。

（3） 发酵翻堆机完成一次翻拋工作时，可将物料向后移动4-5米。新材料可以放在空的位置，使发酵工作继续进行。

  整个发酵过程持续8-15天。发酵后的腐料温度开始降至常温，无异味。外观为深褐色。如需进一步加工成商品有机肥，可根据市场需求添加微生物功能菌剂或无机肥，制成微生物有机肥和有机无机复混肥，经造粒、烘干、筛分、抛光包膜、计量包装后上市销售。