有机肥设备在生产中整个工艺流程可以简单分为前处理、一次发酵、后造粒三个过程。
 
1.前处理需要用到的有机肥设备为有机肥造粒机：堆肥原料运到堆场后，经磅秤称量后，送到混合搅拌装置（用清水）然后加入有机生物发酵复合菌（每吨原料加1-2kg），并按原料成分调整比例和水分，混合后进入下一工序。注意：堆肥原料应提前几个小时处理，用水浸透，用于稀释生物发酵菌的水应视不带消毒剂的饮用水。
 
2.一次发酵环节：将混合好后的原料用装载机送入一次发酵车间，堆成发酵堆，同时2天左右进行翻堆，并补充水分和养分，控制发酵温度在50℃～65℃，进行有氧发酵，发酵周期为8天，每天进一池原料出一池半成品，半成品出料后，准备进入下一工序。
 
3.原料后造粒：对堆肥成品进行筛分，筛出造粒后，送入烘干机烘干，按比例添加各种添加物，搅拌混合制成成品，分装后入库干燥保存。筛上物返回粉碎工序继续操作。